1622 m. minimas Ceikinių evangelikų reformatų kunigas. 1700 m. reformatų bažnyčios nebuvo. Pirmoji katalikų bažnyčia pastatyta iki 1675 m. Mikalojus Šmigelskis 1773 m. pastatė naują medinę bažnyčią.
1921 m. įsteigta parapija. XX a. pradžioje klebonavęs Ignotas Šopara (1864–1931) ragino jaunimą mokytis, ugdė tautinę sąmonę. Jis buvo skundžiamas valdžiai, 1911 m. teisiamas. Lenkijos okupacijos metais veikė Šv. Kazimiero, „Ryto" draugijų skyriai. Klebonas Bronius Laurinavičius (1913–1981) 1947 m. bažnyčią padidino. Klebonas Karolis Garuckas, palaidotas šventoriuje, gynė tikinčiųjų teises.