Apie 1796 m. Barzduose pastatyta medinė koplyčia. 1819 m. veikė parapinė mokykla. Po Pirmojo pasaulinio karo įkurta parapija. Pirmasis klebonas Antanas Petrauskas 1920 m. padidino koplyčią, 1921–1922 m. pastatė dviaukštę kleboniją, ūkinius pastatus, 1922 m. įsteigė mergaičių namų ruošos mokyklą. Iki 1924 m. pastatyti parapijos namai su sale.
Dabartinę mūrinę bažnyčią baigė statyti klebonas Stanislovas Mikelkevičius 1931–1934 m. Iš koplyčios medžiagos pastatyta prieglauda. Po Antrojo pasaulinio karo klebonas Vincas Čėsna bažnyčią suremontavo, perdažė ir išpuošė. Parapijos administratorius kunigas Jorlas Būga, 1947–1955 m. Sibiro tremtinys.