Aukštadvaryje (1 km į šiaurę nuo Anciškio) 1744 m. minima koplyčia. Dvarininkai Adomas Kasakovskis ir Teresė Kasakovskienė 1783–1786 m. pastatė medinę bažnyčią. Jai 1790 m. dovanojo 2 valakus žemės ir 2000 auksinų. Klebonas Juozapas Pikturna paskyrė bažnyčiai 10 000 auksinų.
1791 m. įkurta parapija. Bažnyčia buvo maža, turėjo 2 altorius, be lubų; 1810 m. sudegė. Pagirių klebonas kanauninkas Pranciškus Kasakovskis 1812 m. pastatė naują eglinių rąstų bažnyčią (toje pačioje vietoje). Ji buvo be lubų, dengta šiaudais. Bažnyčia 1828 m. sudegė. Pamaldos laikytos laikinoje lentinėje stoginėje.
1846 m. iš Ramygalos parapijos Joskildų kaimo atvežta koplyčia ir pastatyta Anciškyje. Kunigo Igno Vitkaus rūpesčiu 1893 m. įdėtos skliautinės lubos, grindys, pakeista dalis rąstų, stogas apdengtas skarda. 1906 m. priešais bažnyčią pastatytas ir pašventintas paminklas išeiviams iš Anciškio parapijos. Bažnyčia 1935 m. išdažyta. Parapijai 1936 m. priklausė 61,2 ha žemės. 1938 m. dar pirkta 10 ha miško.