Kunigo J. Kurčevskio teigimu, bažnyčia Alovėje jau buvo 1697 m., tačiau XVIII a. vizitacijų aktuose neminima. 1797 m. Alovėje buvo statoma koplyčia.
1802 m. dvarininko Jokūbo Kęstučio Gedimino lėšomis pastatyta medinė bažnyčia. 1818 m. vėtra nuplėšė bažnyčios stogą. 1866 m. klebonas Juozas Svetlavičius bažnyčią remontavo, įdėjo naujus langus. Tikintieji prašė caro valdžios leisti pasistatyti mūrinę. Leido tik remontuoti senąją (suremontuota 1889 m.). XIX a. pabaigoje bažnyčioje pamokslai sakyti lietuviškai ir lenkiškai.
1907 m. įrengti 3 nauji altoriai, apmūrytas šventorius. Tų pačių metų pabaigoje sukurstyta grupė žmonių per lietuviškas pamaldas keldavo bažnyčioje triukšmą (1908 m. teismas nubaudė 4 triukšmadarius). 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1918 m. Alovėje įsikūrė pavasarininkų kuopa. 1922 m. įsteigta parapija, 1934 m. pašventinta nauja parapijos salė.