Alksnėnai 1673 m. paskirti Virbalio dominikonų vienuolynui. 1867 m. pastatyta medinė koplyčia. Ji minima ir 1784 m. Koplyčioje 1906 m. buvo ketveri atlaidai per metus.
1918 m. pradėta statyti klebonija. 1921 m. įkurta parapija. Jai iš Alksnėnų dvaro duota 9 ha žemės. Klebonas G. Citavičius su parapijiečiais koplyčią padidino; ji tapo bažnyčia. 1925 m. įsteigta pavasarininkų kuopa. Po Antrojo pasaulinio karo iš Panevėžio vyskupijos ištremtas kanauninkas Bronius Antanaitis suremontavo Alksnėnų bažnyčią, sutvarkė kleboniją. Po jo 26 m. klebonavo Vincentas Kizlaitis (1895–1980). Dabartinis klebonas kunigas Arūnas Simonavičius parapijoje tarnauja nuo 2006 m. birželio 29 d.