1941 m. iš Akmenynų pasitraukę raudonarmiečiai paliko didelį baraką. Jį iš Vokietijos administracijos nupirko Jonas Varanka. Kalvarijos klebono Mykolo Krupavičiaus remiami gyventojai iš barako medžiagos pasistatė karkasinę medinę 27 × 12 m bažnyčią (inž. Kazio Garmaus projektas). Joje 1942 m. gegužės 24 d. laikytos pirmosios Šv. Mišios. Pastatyta klebonija, pradėti statyti ūkiniai trobesiai.
1944 m. raudonarmiečiai nugriovė bažnyčią ir kleboniją. Kunigo Petro Sitkos rūpesčiu ant buvusios klebonijos pamatų pastatytas namas, kurio viename gale įrengta koplyčia, kitame gyveno kunigas. 1956 m. namas nusavintas, perduotas mokyklai. 1989 m. atkurta parapija, 1991 m. pastatyta bažnyčia.