Japonijos religijos istorija pasižymi unikaliu dviejų pagrindinių tikėjimų – šintoizmo ir budizmo – sugyvenimu bei jų įtaka kultūrai, tradicijoms ir visuomenės pasaulėžiūrai. Religija čia niekada nebuvo suprantama vien tik kaip dvasinis įsipareigojimas – ji tapo būdu išreikšti ryšį su gamta, protėviais ir kasdienio gyvenimo harmonija.
Šintoizmas yra seniausia Japonijoje susiformavusi religija, pagrįsta vietinių dievybių, vadinamų kami, garbinimu. Šie dvasiniai elementai gali būti susiję su gamtos reiškiniais, kalnais, upėmis ar net istoriniais asmenimis. Šintoizmo ritualai dažnai atliekami šventyklose, o kasdienėje praktikoje pabrėžiamas grynumo, harmonijos ir pagarbos gamtai principas. Kadangi šintoizmas neturi griežtos doktrinos, jis lengvai derėjo su kitomis religijomis, kurios vėliau atėjo į šalį.
VI amžiuje iš Kinijos per Korėją į Japoniją atkeliavo budizmas. Šis tikėjimas greitai rado vietą Japonijos visuomenėje, ypač tarp elito ir imperatoriškosios šeimos. Budizmas Japonijoje suskilo į įvairias mokyklas, tarp kurių išpopuliarėjo Zen budizmas, pabrėžiantis meditaciją, discipliną ir asmeninį nušvitimą. Skirtingai nei Vakarų pasaulyje, Japonijoje šintoizmas ir budizmas nesivaržė dėl dominuojančios pozicijos, o dažnai egzistavo kartu, papildydami vienas kitą.
Feodalinėje epochoje budizmas tapo svarbiu politiniu ir kultūriniu įrankiu. Vienuolynai turėjo didžiulę įtaką, o samurajų luomas dažnai perimdavo Zen filosofiją kaip gyvenimo ir kovos menų dalį. Nors oficiali valstybės religija keitėsi priklausomai nuo valdovų politikos, religija visada išliko neatsiejama Japonijos gyvenimo dalimi.
XIX a. pabaigoje, modernizacijos laikotarpiu, valstybė ėmė stiprinti šintoizmo, kaip nacionalinės religijos, statusą. Buvo siekiama paversti jį oficialiu tikėjimu, kuris pabrėžtų imperatoriaus dievišką kilmę ir stiprintų tautinę vienybę. Po Antrojo pasaulinio karo Japonija tapo sekuliaria valstybe, o religija neteko politinės reikšmės, nors išliko svarbi kultūrine prasme.
Japonijoje religinė praktika yra gana unikali. Daugelis žmonių vienu metu laikosi tiek šintoizmo, tiek budizmo tradicijų. Gimimo, vestuvių ir kitų gyvenimo įvykių metu atliekami šintoistiniai ritualai, o laidotuvių ceremonijose dažniausiai laikomasi budistinių papročių. Statistika rodo, kad oficialiai apie 70% gyventojų save sieja su šintoizmu, apie 67% išpažįsta budizmą, tačiau tik nedidelė dalis reguliariai lanko šventyklas ar dalyvauja religinėse praktikose. Tai įmanoma todėl, kad daugelis japonų nepriklauso tik vienai religijai ir praktikuoja kelias tuo pačiu metu. Be tradicinių tikėjimų, egzistuoja ir mažesnės krikščionių bei kitų religinių grupių bendruomenės, tačiau jų įtaka išlieka nedidelė.
Nors Japonijoje dominuoja sekuliari pasaulėžiūra, religija tebėra neatsiejama kasdienio gyvenimo dalis. Šventės, religiniai ritualai ir tradiciniai papročiai formuoja visuomenės kultūrinę tapatybę, net jei žmonės nesilaiko griežtų tikėjimo dogmų. Religinis paveldas atsispindi šventyklose, festivaliuose ir kasdienėse apeigose, kurios išliko nepaisant šiuolaikinės modernizacijos.