Biblija – viena įtakingiausių knygų žmonijos istorijoje, tačiau mažai kas žino, kad jos turinys per šimtmečius keitėsi. Kanono formavimasis buvo sudėtingas ir ilgas procesas, kuriame dalyvavo teologai, imperatoriai bei sinodai. Kai kurie tekstai, kurie kažkada buvo laikomi šventais, nebuvo įtraukti į galutinį Biblijos kanoną.
Senajame Testamente egzistavo daugybė tekstų, kurie šiandien žinomi kaip deuterokanoniniai arba apokrifiniai. Tobito, Juditos, Siracido (Ecclesiasticus) ir Pirma bei Antra Makabėjų knygos vis dar randamos katalikiškoje ir stačiatikių Biblijoje, tačiau protestantai jas pašalino XVI a. Reformacijos metu. Šios knygos buvo parašytos tarp Senojo ir Naujojo Testamento laikotarpių, vadinamojoje Antrojo Šventyklos epochoje. Pavyzdžiui, „Siracido knyga“ (Ecclesiasticus) pateikia daug moralinių ir etinių mokymų, panašių į Saliamono patarlių rinkinį, tačiau protestantiškoje tradicijoje ji laikoma nekanonine.
Naujasis Testamentas taip pat turi savo paslapčių. Vienas iš ryškiausių atvejų – Evangelija pagal Tomą, kuri randama Nag Hammadi rankraščiuose ir priskiriama gnostikų tradicijai. Ši evangelija pateikia Jėzaus posakius, kurių nėra sinoptinėse evangelijose. Joje nėra pasakojimų apie Jėzaus nukryžiavimą ar prisikėlimą, o pagrindinis dėmesys sutelktas į mistinį pažinimą (gnōsis). Panašus likimas ištiko ir Evangeliją pagal Petrą, kurią ankstyvieji krikščionys skaitė, tačiau IV a. ji buvo atmesta kaip doketinė, nes pateikė Kristų kaip dievišką esybę, neturinčią tikro fizinio kūno.
Kanono formavimo procese svarbus vaidmuo teko Nikėjos (325 m.) ir vėlesniems Bažnyčios susirinkimams. Imperatorius Konstantinas siekė suvienodinti krikščionių tikėjimą ir pašalinti tekstus, kurie galėjo skatinti teologines diskusijas ir nesantaiką. Pavyzdžiui, Enocho knyga, kuri randama Etiopijos Ortodoksų Bažnyčios Biblijoje, bet ne katalikų ar protestantų leidimuose, pateikia unikalią angelologijos ir demonologijos sistemą. Joje aprašomi „Dievo sūnūs“ (b‘nei ha-elohim), kurie maištauja prieš Viešpatį ir sukuria milžinus (nefilimus). Nors Judo laiške (Judas 1:14–15) cituojamas Enocho tekstas, jis pats kanoniniame Naujojo Testamento sąraše neatsidūrė.
Įdomu ir tai, kad kai kurie Biblijos tekstai buvo sąmoningai keisti. Pavyzdžiui, garsusis Johano Komos tekstas (1 Jn 5:7–8) – Trejybės formulė, egzistuojanti vėlesniuose rankraščiuose, tačiau ankstyviausiuose graikiškuose manuskriptuose jos nėra. Tai rodo, kad kai kurie papildymai atsirado vėlesnių teologinių ginčų metu, norint paremti tam tikras dogmas.
Paslaptingos Biblijos knygos ir pašalinti tekstai atskleidžia, kad ankstyvoji krikščionybė buvo labai įvairialypė, o kanono formavimas – ne tik teologinis, bet ir politinis procesas. Tikėjimo tiesos, kurias šiandien laikome nekintamomis, buvo formuojamos per amžius, dažnai išbraukiant ar perrašant tekstus tam, kad jie atitiktų Bažnyčios doktriną. Visa tai rodo, kad šventasis Raštas turi daug daugiau istorijų nei oficialiai pripažintos knygos.