Šiauliuose 1930 m. įsikūrė jėzuitų misija. Kunigo Benedikto Andruškos (pirmojo rektoriaus) rūpesčiu 1936 m. pastatyta mūrinė oratorija. Tada čia buvo vienas kunigas ir du broliai jėzuitai. Iki 1944 m. pasikeitė keturi rektoriai. Jie buvo kartu ir jėzuitų misijos vyresnieji. 1948 m. pavasarį kunigas Antanas Šeškevičius ištremtas, bažnyčia uždaryta. Bažnyčią uždarius, joje buvo įrengtas sandėlis, vėliau sporto salė.