Ona Rudaminaitė-Pacienė 1642 m. pastatė bažnyčią (dabartinių kapinių vietoje). 1644 m. įkurta parapija, bažnyčiai paskirta 14 valakų žemės be valstiečių. Vėliau toje vietoje įsikūrė Kuleliškių, Lauryniukų, Maciuliškių, Pauliukiškių kaimai. 1655 m. bažnyčia sudegė.
1670 ir 1750 m. atstatyta. XVIII a. veikė parapinė mokykla. 1827 m. tvirtinta, kad Lavoriškių parapijos gyventojai šneka rusišku dialektu, gimtosios lietuvių kalbos beveik nevartoja.
1899–1906 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1927 m. konsekravo arkivyskupas Romualdas Jalbžikovskis.