Vitebsko kaštelionienė Stravinskienė Kena 1603 m. paskyrė Vilniaus evangelikų reformatų bažnyčiai, bet Leonas Sapiega iš jų atėmė. 1690 m. Kena paskirta Vilniaus bernardinų vienuolynui. XVII a. pabaigoje pastatyta koplyčia. Priklausė Rukainių parapijai, minima ir 1744 m. Rusijos valdžia koplyčią 1866 m. uždarė. 1920 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1922 m. įkurta parapija.