Eitminiškės 1685 m. paskirtos Vilniaus misionieriams. Manoma, kad tada jie pastatė koplyčią. Ją Rusijos valdžia 1866 m. uždarė.
1922 m. įkurta parapija. 1924 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Į Eitminiškės klebonauti 1934 m. paskirtas kunigas Ambraziejus Jakavonis (1886–1943), lietuvių visuomenės veikėjas. Armijos krajovos būrys, 1943 m. balandžio 25 d. (per Šv. Velykas) įsiveržęs į kleboniją, suėmė A. Jakavonį, jį išsivedė ir nužudė (kapas nežinomas). Kunigo atminimui 1988 m. šventoriuje pastatytas paminklinis akmuo.