Vilniaus vaivada Kazimieras Sapiega 1697 m. jėzuitams dovanojo Šnipiškes. Jose Mykolas Kazimieras Radvila ir Mykolas Košicas 1702 m. pradėjo statyti bažnyčią. Statybai vadovavo meistrai jėzuitai Hiacintas Ptakas ir Jurgis Šikas. 1709 m. sumūrytos sienos ir vieno bokšto 2 tarpsniai. 1752 m. pagal architektų J. Dyderšteino ir J. Nezemkausko projektą pastatyti bokšto trečias ir ketvirtas tarpsniai. XVIII a. antrojoje pusėje pastatytas antras bokštas. 1752 m. įrengtas didysis altorius.
1703–1740 m. pastatytas vienuolynas, 1715 – 1739 m. – ūkiniai pastatai. 1773 m. bažnyčia ir vienuolynas perduoti pijorams. 1791 m. įkurta parapija. Pijorai 1799 m. vienuolyną pardavė caro valdžiai. Ši vienuolyne įrengė kareivines. Bažnyčia nuo 1799 m. neveikė. Ji 1824 m. suremontuota ir pašventinta, 1831–1832 m. paversta kariniu sandėliu.
1857–1858 m. rekonstruotas vienuolynas, 1860 m. remontuota bažnyčia. Klebonas Jonas Menutis 1865 m. ištremtas. Klebonas ir Vilniaus dekanas Stanislovas Petravičius 1870 m. iš vyskupijos valdytojo gavęs naujus apeigynus su rusiškais tekstais jų neišdalino klebonams, bet demonstratyviai sudegino ir už tai buvo ištremtas. 1894 m. nugriauta klebonija, stovėjusi į rytus nuo bažnyčios.
1975 m. bažnyčia restauruota pagal architekto Giedriaus Lauciaus projektą.