Iki 1850 m. Didvyžių (Geištarų) dvare pastatyta koplyčia, turėjusi nuolatinį kunigą. Dvaro savininkas Leonas Geištaras pasenusios koplyčios vietoje 1885 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią.
1917 m. vokiečiai nusikabino bažnyčios varpą. Kunigas Antanas Kudirka iš prasiskolinusio dvaro apie 1918 m. nupirko bažnyčią ir kitus trobesius. 1919 m. įkurta parapija. 1944 m. bažnyčios sienoje pramuštos skylės, ji nuniokota. Kareiviai išplėšė ir sudegino medines bažnyčios dalis, liko tik didysis altorius. Po karo bažnyčia suremonuota.