Bažnyčia pastatyta 1841–1844 m. pagal 1840 m. architekto Karolio Gregotovičiaus projektą. Jos fundatorius generolas Vincas Žilinskas, statytojas jo brolis Domininkas (gyveno Nedingės dvare). Bažnyčia konsekruota 1849 m., buvo Merkinės filija. 1862 m. įsteigta parapija.
1907 m. pastatyta prieglauda. Fundatoriai buvo lenkai, pamaldos laikytos lenkų kalba. Iki 1894 m. kas antrą sekmadienį per pamaldas buvo giedama lietuviškai. Vilniaus vyskupijos valdytojo 1911 m. įsakymu lenkiškos pamaldos bažnyčioje laikytos kas trečią šventadienį. Todėl J. Žilinskas atsisakė vykdyti tėvo testamentą ir neskyrė pinigų kunigo išlaikymui. Klebonų Kazimiero Steberioko ir Donato Linarto (1874–1947), (bolševikų nužudytas) rūpesčiu ir parapijiečių aukomis bažnyčia atnaujinta. Klebonas Zigmas Neciunskas 1946 m. nuteistas 10 m. kalėti. Į Lietuvą grįžo 1956 m.