Vaitkuškio dvaro savininkas Mykolas Kasakovskis 1 km į šiaurės vakarus nuo dvaro, prie Pivonijos šilo, 1789 m. pastatė mūrinę bažnyčią. Ji 1791 m. pašventinta. Ta proga statytojo brolio, Vilniaus pavyskupio Jono Nepomuko Kasakovskio pasakytas pamokslas 1791 m. išleistas atskira knygele (lenkų kalba). Iš pradžių bažnyčia buvo dvaro koplyčia, vėliau – Pabaisko parapijos filija. Ilgainiui bažnyčia ir gyvenvietė imtos vadinti Pašile. Jos kunigas buvo Kasakovskių dvaro kapelionas ir gyveno dvare.
1857 m. minima apleista, kiauru stogu bažnyčia. 1926 m. įkurta parapija. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia uždaryta, joje įrengta šokių salė. Pašilė 1966 m. prijungta prie Ukmergės miesto. 1992 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems.