1919 m. Taujėnų dvaro savininkas kunigaikštis Konstantinas Radvila statomai Lėno bažnyčiai paskyrė miško medžiagos. 1921 m. pastatyta laikina medinė koplyčia. Netrukus pradėta statyti klebonija ir kiti parapijos ūkiniai trobesiai. Lėno gyventojams paaukojus 2 dešimtinių sklypą, kunigų Jurgio Kazakevičiaus ir Jono Laugalio iniciatyva 1923–1924 m. pastatyta akmenų mūro bažnyčia.
1925 m. kunigo J. Laugalio rūpesčiu bažnyčia nutinkuota iš lauko, 1927 m. įdėtos medinės lubos, 1928 m. atlikti kiti darbai. Laikinoji koplyčia pertvarkyta į prieglaudą. Vyskupas Kazimieras Paltarokas dovanojo bažnyčiai monstranciją ir taurę, Apolonija Doračiūnienė paskyrė 1000 litų varpui pirkti. Daugiausia bažnyčią parėmė prezidentas Antanas Smetona, kilęs iš šios apylinkės. Jo lėšomis buvo įrengtas didysis altorius, kuriame įmontuotas dailininko Burbos pieštas Šv. Antano paveikslas. Kunigas Domininkas Tumėnas Lėno bažnyčiai paskyrė 35 ha žemės (16 km nuo Lėno).
1932 m. Juozas Kuliava dovanojo parapijai 8 ha. Sukeitus žemę arčiau bažnyčios ir 1934 m. Lėno kaimui skirstantis į vienkiemius, bažnyčiai liko 25 ha žemės. Lietuvos vyriausybei paskyrus pašalpą, 1935 m. prie bažnyčios pristatytas aukštas mūrinis bokštas. Prieš Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia buvo Vadoklių filija. 1944 m. gerokai sužalota. Vėliau suremontuota.