Mūrinę bažnyčią Lyduokiuose 1623 m. pastatė Henrikas Padlevskis. Prie jos įsteigta prieglauda. XVIII a. veikė parapinė mokykla. Po 1782 m. pristatytas priebažnytis. 1884 m. bažnyčia padidinta, pristatyti 2 bokštai. Ją 1887 m. konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apgadinta. Po karo suremontuota.