Beižionių dvarelio savininkė Kornelija Ostrauskienė būsimai bažnyčiai dovanojo dvarelį ir 20 ha žemės. 1922 m. į Beižionis paskirtas kunigas Steponas Rudžionis, grįžęs iš Mogiliovo vyskupijos. Tais pačiais metais dvare įrengta bažnyčia; įkurta parapija. S. Rudžionis su vietos gyventojais 1926 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Klebonas 1946 m. bolševikų suimtas, nuteistas 25 m. kalėti. Mirė 1949 m. Vorkutoje. Klebonas V. Polonskis bažnyčią suremontavo.