Apie 1765 m. pastatyta Degenių kaimo koplyčia. 1783 m. Jurgis Gadonas kitoje vietoje, šalia kaimo, pastatė bažnyčią. Vietovę imta vadinti Gadūnavu.
1817 m. įsteigta parapija. Dar 1870 m. klebonas Vismontas, klebonavęs čia 30 metų, planavo statyti naują bažnyčią ir paskyrė 7000 rublių. Dabartinė mūrinė bažnyčia pastatyta 1901 m. kunigo Baltramiejaus Baltrėno rūpesčiu.