Gaurėje 1661 m. minima evangelikų reformatų bažnyčia. Grįžęs į katalikybę Gabrielius Kaminskis 1670 m. katalikų bažnyčiai skyrė turtų, įkurta parapija; dovanotas Vytariškių (vėliau pavadintas Kunigiškiais) kaimas. Po 1671 m. panaikinta evangelikų reformatų bažnyčia. Metrikų knygos rašytos nuo 1675 m.
1773 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1887 m. leista apmūryti šventorių. 1918–1943 m. klebonavo Kazimieras Šleivys. Jis už lietuvišką veiklą, draudžiamos spaudos platinimą 1902 m. buvo 2 m. ištremtas iš Lietuvos. 1970 m. bažnyčia sudegė.
1971 m. maldos namai įrengti gyvenamajame name. 1992 m. pradėta statyti nauja bažnyčia. Šventoriuje išlikę senosios bažnyčios mūrinės tvoros vartai ir medinė varpinė, 5 geležiniai kryžiai (XIX a.).