Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1520 m. Mirus klebonui, apie 1600 m. sunaikinti bažnyčios dokumentai.
1612 m. pastatyta nauja bažnyčia, į kurią Balbieriškio dvaro sodybos savininkas pakvietė evangelikų reformatų kunigą. Reformatams paskirtos buvusios katalikų bažnyčios valdos su Nešeikių kaimu. Katalikai, vadovaujami Merkinės klebono Petro Ramulavičiaus, 1632 m. vasario 10 d. užėmė Balbieriškio bažnyčią ir kleboniją. 1644 m. bažnyčia priteista katalikams.
1674 m. minima statoma bažnyčia. Joje 1871 m. pradėta giedoti ir pamokslai sakyti lietuviškai. Pagal inžinieriaus Bronislovo Žochovskio projektą 1884–1888 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1907 m. pradžioje įkurtas „Žiburio“ draugijos skyrius, įsteigta biblioteka – skaitykla. Klebono Motiejaus Brazausko rūpesčiu bažnyčia 1911–1912 m. suremontuota.
1915 m. į Rusiją išvežti 3 varpai, rugpjūčio mėn. bažnyčia apardyta. Ją suremontavo iš Rusijos grįžęs klebonas Juozas Rudaitis. 1927 m. suremontuotas bokštas. 1944 m. bažnyčia sužalota, 1956 m. gerokai remontuota, pakeistos bokštų sijos.