Tikėtina, kad miesteliui rastis padėjo apie 1665 metus pastatyta pirmoji bažnyčia. Tiksli data, kada Vaškuose pastatyta pirmoji bažnyčia nežinoma, tačiau bažnyčios inventoriaus knygoje yra parašyta, kad pro Vaškus važiavęs keleivis, pavarde buvo Grotus, kuris keliavęs į Biržus pas gydytoją. Šalia kalnelio kur dabar yra Vaškų bažnyčia jis sustojęs ir leidęs arkliams pasiganyti, o pats užmigęs ir susapnavęs, kad jam reikia čia pastatyti bažnyčią. Pabudęs jis susirado šių žemių savininką ir įkalbėjęs jį parleisti kalnelį, ėmėsi statyti Vaškų bažnyčią, tačiau nebaigęs darbų mirė.
Dokumentai liudija, kad medinę koplyčią 1665 metais pabaigęs statyti šių žemių savininkas Jonas Staševskis. Retkarčiais į ją atvykdavo Saločių kunigas laikyti pamaldų. Karų su Švedija ir maro metais buvo apleista; bažnytiniai reikmenys išgabenti į Saločius. 1766 m. Andriejus Staševskis pastatė naują medinę bažnyčią. Jam padėjo pirmasis bažnyčios rektorius kunigas Kristoforas Staševskis.
1766 m. Vaškuose apsigyveno kunigas, bažnyčiai suteiktos parapijos teisės (iki tol buvo Saločių filija). Zvanagalos dvaro savininkai Staševskiai ir kiti dvarininkai skyrė bažnyčiai valaką žemės ir 13 000 auksinų. Jai susenus 1793 m. pastatyta nauja medinė kryžminio plano bažnyčia. Jos statybą parėmė Juozapas Lionginas ir Konstancija (Puzinaitė) Staševskiai. Prie bažnyčios pastatyta medinė varpinė. Joje buvo 3 varpai. 1835 m. įkurta parapinė mokykla.
1878 m. prašyta leisti statyti naują mūrinę bažnyčią, kurios sąmatinė vertė 28 235 rb. Statyti neleista, kol nebus surinkta daugiau kaip pusė sąmatoje numatytų pinigų. Surinkus 17 000 rb, statyti 1880 m. leista. Klebono Broniaus Stasevičiaus rūpesčiu 1881 m. pabaigoje pastatyta dabartinė bažnyčia. Grūžių ir kitų Kalneliškių dvaro savininkas paaukojo statybinės medžiagos už 65 000 rb. Klebonas B. Stasevičius 1887 m. įrengė 25 registrų vargonus, 1888–1890 m. – 5 altorius, 1892 m. įsigijo Kryžiaus kelio stočių paveikslų. Bažnyčią 1894 m. konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis.
1907 m. įsteigta parapijos bibliotekėlė. Nuo 1908 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Per Pirmąjį pasaulinį karą varpai išvežti į Rusiją. 1932 m. nupirktas bronzinis varpas. 1934 m. bažnyčia apdengta skarda. 1938 m. klebonas Jonas Didžiulis su parapijiečiais bažnyčią suremontavo.