1869 m. įkurta Rukų evangelikų – liuteronų parapija. 1885–1886 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. 1945 m. bažnyčia perduota katalikams, po nepriklausomybės atgavimo bažnyčia grąžinta evangelikams – liuteronams. 1997 metais bažnyčioje kilo gaisras, Vokietijoje gyvenantys Rukų parapijiečiai padėjo bažnyčią atstatyti.