Suginčiuose 1669 ir 1782 m. minima koplyčia (priklausė Vilniaus vyskupijos Molėtų parapijai). Pirmąją Suginčių kapinių koplyčią antrojoje XVII amžiaus pusėje pastatęs Koziela. Molėtų metrikų knygose nuo maždaug 1695 metų esama įrašų, kad Suginčių koplyčioje krikštijami vaikai, kartais tuokiamos poros. Tai atlikdavo Stirnių jėzuitai arba Molėtų klebonas. XVIII amžiuje Suginčių koplyčioje reguliariai laikytos mišios triskart per metus – atlaidų dienomis. Nors XIX amžiaus šaltiniai teigia, kad Michailovskiai 1773 m. pastatė antrąją Suginčių koplyčią, stovėjusią iki XX a. pradžios, tuo galima abejoti: mat XVIII amžiaus šaltiniai nurodo, kad bent apie 1760–1780 metus Suginčius valdė Janovičiai. Antroji koplyčia buvo medinė, turėjo penkis langus, tris altorius, šešių balsų vargonus. Nuo XIX amžiaus pradžios prie Suginčių koplyčios būna nuolatinis kunigas, apie 1820 metus pradedamos rašyti metrikų knygos, atsiranda Suginčių filija, iki 1850 metų priklausiusi Molėtų parapijai. 1850–1925 m. Suginčių bažnyčia buvo Žemaičių (Telšių) vyskupijos Utenos parapijos filija. 1898 m. gubernatoriaus prašyta leidimo bažnyčiai remontuoti ir padidinti. Leista tik remontuoti. Suginčiuose XIX a. pabaigoje gyveno, dirbo ir palaidotas draudžiamos lietuviškos spaudos bendradarbis, pasakėčių kūrėjas kunigas Juozas Lideikis (1858–1898).
1909–1910 m. kunigo A. Ragažinsko rūpesčiu ir parapijiečių lėšomis pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1935–1936 m. klebono Adolfo Bielskio iniciatyva ir parapijiečių lėšomis bažnyčia išdekoruota, 1954 m. kunigo Zigmo Gustainio rūpesčiu – suremontuota.