Balninkuose iki 1544 m. įsteigta parapija. Pasak jėzuito S. Rostovskio, 1585 m. lietuviškai skaitytos evangelijos ir sakyti pamokslai. Per XVII a. karus parapijos dokumentai sunaikinti.
1676 m. medinė bažnyčia ir klebonija buvo begriūvančios. Anykščių ir Balninkų seniūnas Juozapas Zybergas 1771 m. pastatė naują bažnyčią. Paskirtas nuolatinis kunigas Tomas Polujanas aptvarkė bažnyčią. Ji 1773 m. pašventinta. Klebonas A. Jusis su parapijiečiais 1908–1910 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Ją 1921 m. konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.