Pirmoji medinė bažnyčia pastatyta 1752 m., jai dovanoti 5 valakai žemės. 1765 m. įsteigta parapinė mokykla (veikė iki XIX a. pradžios). Bažnyčiai 1806 m. priklausė Gudiškės kaimas. Dvarininkas Gadonas 1826 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. 1886–1889 m. pastatyta medinė varpinė. Žemalės bažnyčia iki Pirmojo pasaulinio karo garsėjo melodingais varpais.