Pirmąją bažnyčią Veisiejuose apie 1525 m. pastatė Jurgis Simanavičius. Jis 1526 m. dovanojo turto. 1674 m. minima medinė apiplėšta bažnyčia be kunigo. 1762 m. iš lentų pastatyta laikina, o 1767 m. – medinė bažnyčia. 1766 m. Veisiejuose įkurta Šv. Rožančiaus brolija. Masalskiai iki 1768 m. pradėjo statyti mūrinę bažnyčią. Mirus Veisiejų dvaro savininkui darbai sustojo. 1777 m. įsteigta parapinė mokykla.
Dabartinę mūrinę bažnyčią pastatydino nauja Veisiejų dvaro savininkė Viktorija Oginskytė-Zinevienė; bažnyčia pradėta statyti XVIII a. 7-ajame dešimtmetyje, o baigta 1817 m. 1870 m. parapijoje pradėtos kovos dėl lietuviškų mišių. Nuo 1897 m. kas antrą sekmadienį pradėtos laikyti lietuviškos pamaldos. 1900 m. lenkiškai kalbantys miestelėnai, norėdami sutrukdyti lietuviškai giedantiems, bažnyčioje sukėlė muštynes. Klebono T. Zubrio rūpesčiu bažnyčia 1907 m. remontuota, restauruoti 3 paveikslai. 1907 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius, įsteigęs biblioteką – skaityklą. 1922 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa.