Kapinėse 1760 m. pastatyta koplyčia. Rumšiškių seniūnas Jonas Truskauskas ir jo žmona Barbora 1794 m. pastatė medinę bažnyčią, jai skyrė 4 valakus žemes, išlaikė prieglaudą. 1796 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. 1813 m. lapkričio 17 d. įsteigta parapija, nustatytos jos ribos, 1854 m. pastatyta nauja, stačiakampio plano (18 × 13 m) bažnyčia.
1863 m. minima parapinė mokykla. Klebono Kl. Prialgausko (mirė 1886 m.) rūpesčiu apmūrytas šventorius ir kapinės. 1906 m. klebonas Boleslovas Rakauskas ir vikaras Leonardas Babrauskas be leidimo įsteigė parapijos biblioteką – skaityklą. 1908 m. už tai jie buvo nubausti. 1915 m. varpai išvežti į Rusiją.
1925 m. įsigyti 2 nauji (vienas išliko). Truskavoje nuo 1922 m. klebonavo Antanas Kungis. Jis 1926 m. suremontavo bažnyčią, 1930 m. pastatė Šv. Vincento Pauliečio draugijos prieglaudą – mūrinius dviaukščius rūmus. 1944 m. liepos 22-28 d. sudegė bažnyčia, varpinė, klebonija, ūkiniai trobesiai. 1945 m. bažnyčia įrengta buvusioje prieglaudoje. 1990 m. pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia.