Lančiūnavos dvaro dvarininkas Zigmantas Kognovickis vietoj senosios medinės bažnyčios 1863 m. pradėjo statyti mūrinę. Išmūrijus iki langų darbai dėl prasidėjusio sukilimo nutrūko. 1874 m. leista statyti mūrinę laidojimo koplyčią. Ji pastatyta 1880 m. Kauno gubernatorius neapsižiūrėjęs leido iš senosios bažnyčios perkelti liturginius reikmenis ir laikyti pamaldas. Netrukus leidimas atšauktas, bet gyventojai ir toliau meldėsi. 1885 m. uždrausta laikyti pamaldas. Vidaus reikalą ministras 1886 m. leido pamaldas laikyti tik už mirusiuosius. Lančiūnavoje 1887 m. leistos dvejos šventės: kovo 4 d. ir gegužės 8 d. Po Antrojo pasaulinio karo iki 1991 m. bažnyčia neveikė.