Šaukėnų bažnyčia minima 1497 m. Evangelikų reformatų kunigui 1584 m. dovanoti 6 valakai žemės (evangelikams reformatams priklausė iki XVII a. pradžios). Nauja bažnyčia pastatyta 1632 m., kita – 1763 m. Nuo 1803 m. veikė parapinė mokykla. 1820 m. bažnyčia turėjo valaką žemes. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybes draugijos skyrius. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą pastatyta nauja bažnyčia per Antrąjį pasaulinį karą sudegė.
1947 m. pastatyta dabartinė medinė, karkasinė bažnyčia.