1531 m. minima Kražių altarija Vaiguvoje, 1599 m. – Vaiguvos altarista.
1719 m. pastatyta bažnyčia.
1776 m. įkurta parapija.
1803-1804 m. pastatyta nauja, dvibokštė Šv. Jono Krikštytojo titulo bažnyčia su varpine ant stulpų. Jos statybą parėmė Žemaičių vyskupas St. J. Giedraitis. Iki šių dienų išliko liaudies meistro M. Butvilos statyta originali varpinė.
1804 m. Įsteigta parapinė mokykla.
Kunigo K. Žemavičiaus rūpesčiu bažnyčia 1877 m. perstatyta.