Pirmoji bažnyčia Kražiuose pastatyta 1416 m. Kai ji sudegė, 1475 m. pastatyta nauja. Kražių klebonija buvo viena turtingiausių Žemaitijoje. 1533 m. klebonavo būsimas vyskupas Valerijonas Protasevičius, 1549 m. – poetas ir teisininkas Petras Roizijus. 1570–1740 m. Kražiuose veikė kunigų seminarija. 1607 m. įsteigtas jėzuitų, 1639 – benediktinių vienuolynas. Jėzuitai 1614 m. įsteigė kolegiją.
1621 m. ant Radvilos pilies pamatų pašventintas būsimos jėzuitų bažnyčios kertinis akmuo. Statybą fundavo etmonas Jonas Karolis Katkevičius. Manoma, kad statoma bažnyčia nukentėjo 1655 m., nes statyta iki 1689 m. Ji buvo puošniausia Žemaitijos bažnyčia: turėjo 12 lipdytų altorių su kolonomis, menišką sakyklą, didžiajame altoriuje buvo Leonardo da Vinči tapytas Švč. Marijos paveikslas. Panaikinus jėzuitų ordiną (1773 m.), mokinių bažnyčia liko be priežiūros. Kolegija tapo apygardine mokykla. 1797–1817 m. joje dėstė Kolainių karmelitai. Bažnyčia neremontuojama iro. Jos sienose atsirado didokų plyšių, prakiuro stogas, gedo seni paauksuoti vargonai.
1821 m. bažnyčioje uždraustos pamaldos. 1836 m. nuardytas stogas, netrukus pradėtos ardyti sienos. Nugriautas ir mūrinis dviaukštis vienuolynas (statytas 1621 m.).
Chrizostomas M. Volodkevičius vienuolėms benediktinėms 1642 m. pastatė bažnyčią. 1757–1763 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia (archit. Tomo Žebrausko projektas). 1709 m. sudegė parapinė bažnyčia. Ji buvo atstatyta tik 1739 m. Klebonas Domininkas Mankauskas pastatė medinę bažnyčią ir 1758 m. pakvietė vienuoles marjaviles iš Vilniaus. Mirus klebonui vienuolės išsikėlė, bažnyčia sunyko. 1807 m. parapinė bažnyčia sudegė. 1810 m. atstatyta.
1892 m. gruodžio 24 d. caro valdžia uždarė benediktinių vienuolyną. Norėjo uždaryti ir nugriauti bažnyčią. Tikintieji prašė paversti ją parapijos bažnyčia (vietoj medinės Šv. Mykolo bažnyčios; pastarąją prašė leisti pertvarkyti į kapų koplyčią). Caras Aleksandras III, nepaisydamas prašymų, 1893 m. birželio 22 d. įsakė bažnyčią ir vienuolyną nugriauti. Gyventojai neleido bažnyčios uždaryti, ją nuolat saugojo. Lapkričio mėn. valdžia susidorojo su tikinčiaisiais. Dėl kazokų smurto žuvo ir nuo žaizdų mirė 9 žmonės, apie 50 sužeista. Bažnyčia uždaryta.
1904 m. parengtas naujos mūrinės bažnyčios projektas (sąmatinė vertė 70 000 rublių). Valdžia naujos bažnyčios statyti neleido, tik 1908 m. liepos 29 d. grąžino uždarytąją. Suremontuota bažnyčia, pašventinta 1910 m. rugsėjo 4 d., tapo parapine. Medinėje bažnyčioje taip pat laikytos pamaldos. 1919 m. tapo mokinių bažnyčia.
1941 m. birželio 23 d. sudegė. Kražių kunigas Stanislovas Rimkus 1940 m. rugpjūčio 6 d. suimtas. Apgriauta ir apdegusi bažnyčia 1943 m. suremontuota. Kražiuose 1976–1987 m. klebonavo Juozapas Olšauskas (1910–1988), 1948–1956 m. kalintas, palaidotas bažnyčios požemio kriptoje.