Manoma, kad ši viena seniausių gotikinių Lietuvos bažnyčių išmūryta XV a. antrojoje pusėje (istorinių žinių neišliko). 1503 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Aleksandras ją paskyrė Kauno parapinei bažnyčiai. Apie XVI a. vidurį pristatytas neaukštas bokštas. 1655 m. apgriauta. Suremontuota apie 1680 m.
1782 m. vizitacijų aktuose teigiama, kad bažnyčia ilgą laiką stovėjo apleista. 1750 m. Vandžiogalos klebonas Petras Novomeiskis prie bažnyčios pristatė medinę ligoninę; įkurdinti Šv. Roko ordino vienuoliai, kuriems skirta piniginė fundacija. Iki 1750 m. bažnyčia remontuota. 1782 m. buvo penki vienuoliai rokitai. Jie išlaikė ligoninės gydytoją.
1786 m. kunigas Jurgis Ulazevičius Kauno rokitams paskyrė 12 000 zlotų, 1790 m. kunigas Domas Mankovskis dovanojo palivarką, 1793 m. duota pievų, 1796 m. – pinigų. Rokitai bažnyčią atnaujino: navos gale pastatė vargonų chorą, o buvusio choro vietoje, bokšte, įrengė patalpas klebonui gyventi, bokšto išorėje pristatė laiptus. Rekonstruota bažnyčia pašventinta 1794 m.
1812 m. visi rokitų mediniai pastatai sudegė. Per gaisrą nukentėjo ir bažnyčia. Ilgainiui likęs vienas vienuolis rokitas nebepajėgė rūpintis ligonine. 1824 m. bažnyčia su ligonine atiduota gailestingosioms seserims šaritėms (lot. caritas). 1843 m. medinį ligoninės pastatą su visu turtu perėmė Kauno magistratas. Ligonius toliau leista slaugyti šaritėms. Šaričių vienuolynas uždarytas 1864 m., seserys vienuolės išvyko į Lenkiją.
1871 m. ligoninė perkelta į atstatytą pranciškonų vienuolyną. Šaritės pastatė atskirą mūrinį namelį kapelionui, o bažnyčios bokšte įrengė koplyčią ir ten pastatė Nukryžiuotojo Išganytojo figūrą; suremontavo bažnyčią. Iškėlus ligoninę, jos pastate įsikūrė muzikantai. Po 1880 m. senoji ligoninė nugriauta, o jos vietoje pastatytas privatus mūrinis namas. Nuo 1864 m. bažnyčia buvo Kauno parapijos filija. Apie 1920 m. nutinkuoti fasadai.
1921 m. bažnyčia perduota marijonams. Jie šventoriaus kampe pastatė mūrinį vienuolyną. 1948 m. vienuolynas ir bažnyčia uždaryti. Bažnyčia paversta medicinos įrangos sandėliu. Marijonų vienuolyne įsikūrė administracinės įstaigos, vėliau Požėlos rajono komunistų partijos ir vykdomasis komitetai.
1988 m. pradėjus statyti šių administracinių ištaigų priestatą, visuomenė pasipriešino. 1988 m. vasarą pradėti bažnyčios architektūriniai tyrimai, o 1989 m. – restauravimas. Nuo 1991 m. vyksta pamaldos.