1933 m. Žaliakalnyje įkurta Šv. Antano Paduviečio parapija, paskirtas klebonas Juozapas Želvys (1899–1985). Senelių prieglaudoje įrengta laikina bažnyčia. Pagal inžinieriaus Antano Bistricko projektą 1936 m. netoli Zoologijos sodo pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.