Juodaičiai 1614 m. dovanoti Ariogalos klebonijai (1842 m. suvalstybinti). 1780 m. pastatyta medinė koplyčia.
1862 m. pastatyta bažnyčia (Ariogalos parapijos filija). Juodaičių filialistas kunigas Antanas Viršila 1863 m. ištremtas į Sibirą. Iki 1898 m. suburtas bažnytinis choras, 1899 m. apmūrytos kapinės. Per Pirmąjį pasaulinį karą bažnyčia sudegė. Maldos namai įrengti klebonijoje.
1917 m. pastatyta laikina lentų bažnyčia. Apie 1930 m. įsteigta parapija. Kunigo Jono Juodviršio rūpesčiu 1931 m. pastatyta mūrinė bažnyčia. Ją 1934 m. konsekravo vyskupas Teofilius Matulionis.