Iki 1522 m. bažnyčią pastatė A. Zaviša.
Nuo 1565 iki 1631 m. ji priklausė evangelikams reformatams.
1720 m. buvo pastatyta naujoji bažnyčia.
Nuo 1777 m. minima parapinė mokykla. Jos išlaikymui klebonas Grigaliūnas 1820 m. dovanojo turto. XVIII a. pabaigoje bažnyčioje pamokslai vieną sekmadienį sakyti lietuviškai, kitą – lenkiškai. 1851 m. pamokslai būdavo lenkiški, tik retkarčiais lietuviški. Vėliau pamaldos laikytos tik lenkų kalba.
Klebonijai 1832 m. priklausė Miknaičių ir Močenų kaimai.
1842 m. medinė bažnyčia perstatyta ir „apsukta" (pagrindinis frontonas orientuotas į vieškelį).
1863 m. Žeimių vikaras Domininkas Trečiokas pripažintas nepatikimu ir ištremtas į Orenburgo guberniją.
Bažnyčia 1893 m. sudegė.
Inžinierius Vaclovas Michnevičius (1862–1947) (palaidotas šventoriuje) suprojektavo mūrinę bažnyčią. Klebonas Matas Miežinis su parapijiečiais 1898–1906 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Vitražus kūrė Vladislovas Pšibitnevskis.
1915 m. rugpjūčio mėn. Rusijos kareiviai susprogdino bažnyčios bokštus, sutrupino vargonus, išgabeno varpus. Po Pirmojo pasaulinio karo bažnyčia atstatyta.