Daugėliškio bažnyčios vizitacijoje 1675 m. minima Vidiškių koplyčia. Vidiškių dvaro savininkas Jonas Kaminskas 1828 m. pastatė bažnyčią, paskyrė jai 30 dešimtinių žemės, kunigui – 200 rb per metus. 1840 m. bažnyčia atnaujinta.
1902–1906 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Ją 1906 m. konsekravo vyskupas Eduardas Ropas. 1921 m. įkurta parapija.
1880–1883 m. filialistu buvęs Silvestras Gimžauskas (1845–1897) aprūpino parapijiečius anksčiau legaliai leistomis lietuviškomis maldaknygėmis. Lenkijos okupacijos metais parapijiečiai ir klebonai kentėjo nuo Vidiškių Vidiškių dvaro dvarininko Dorochovo savivalės (1934 m. jis nugriovė kleboniją) ir administracijos (1927 m. klebonas Vincas Bobinas kalintas už lietuvišką veiklą). Vilniaus kurija parapijiečių neužstojo, dažnai keitė kunigus. Nuo 1933 m. klebonavęs Zigmas Zeidys suremontavo ir apdengė bažnyčią.