Svėdasų bažnyčia minima 1522 m. Svėdasų dvaras 1533 m. atiteko reformacijos šalininkams Mikalojui Radvilai Juodajam ir jo broliui Jonui. Manoma, kad nuo XVI a. vidurio Svėdasuose klebono nebuvo (minimas 1538 m.). Mikalojus Radvila (1549–1616) Svėdasų katalikų bažnyčiai 1574 m. dovanojo Papiškio palivarką ir Medinių (Medginių) kaimą, vėliau pavadintą Kunigiškiais.
1636 m. pastatyta evangelikų reformatų bažnyčia. 1647 m. iškelta byla, neva evangelikų maldos namai pastatyti per arti katalikų bažnyčios. Svėdasų dvarininkas 1648 m. įsipareigojo pastatyti mūrinę katalikų bažnyčią kapinėse. 1657 m. pradžioje evangelikų reformatų bažnyčia paskirta katalikams, nes jų bažnyčia buvo sudegusi.
1676 m. įrengta naujai pastatyta katalikų bažnyčia. Ji buvo su 2 koplyčiomis (viena jų mūrinė). 1676 m. atstatyta parapinė mokykla. XVIII a. viduryje bažnyčios bokšte buvo valandas mušąs laikrodis. 1768 m. bažnyčios inventoriuje įrašyta įvairių styginių ir pučiamųjų muzikos instrumentų.
1794 m. Svėdasų klebonas kanauninkas Mykolas Smolskis (Smolenskis), remiamas kunigaikščio Karolio Radvilos ir grafienės Pliaterienės, prie senosios mūrinės bažnyčios pristatė medinę. Senoji palikta kaip navos koplyčia.