Iki 1669 m. pastatyta koplyčia. Ją aptarnavo Kavarsko kunigai. 1700 m. įsteigtas reguliariųjų atgailos kanauninkų vienuolynas. 1735 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ją aptarnavo vienuoliai. Nuo 1782 m. veikė parapinė mokykla. Iki 1783 m. pastatytas priebažnytis. 1783 m. įsteigta parapija. Rusijos valdžia 1832 m. vienuolyną uždarė. Parapija 1849 m. priskirta prie Žemaičių vyskupijos.
1871 m. gautas leidimas statyti naują medinę bažnyčią. Ji pastatyta 1874 m. Tarpukariu prie bažnyčios veikė pavasarininkai, katalikų vyrų sąjunga, angelaičiai, katalikių moterų sąjungos skyrius. Kurkliuose 1930 m. rugpjūčio 17 d. surengtas katalikiškų organizacijų kongresas (dalyvavo vyskupas Mečislovas Reinys, prof. Pr. Dovydaitis). 1938 m., minint Lietuvos nepriklausomybės 20-metį, prie bažnyčios pastatytas ornamentuotas kryžius. 1939 m. pastatyti parapijos namai.