Alkiškių evangelikų liuteronų bažnyčios vietoje iš pradžių buvo pamaldų namai. 1801–1815 m. kunigas Fridrichas Vilhelmas Skubovijus dovanojo šiems namams sakyklą, du Nukryžiuotuosius, dvi sidabrines taures. Alkiškių dvaro nuomotojas Magnus pastatė liuteronams medinį pamaldų namą, kurį 1829 m. pašventino kunigas Aleksandras Henrikas Konradas Šulcas. Jis 1832 m. dovanojo parapijai fisharmoniją. 1840 m. maldos namuose jau buvo vargonai. 1858 m. kunigo Aleksandro Dovydo Emanuelio Distono paraginti parapijiečiai suvežė statybinių medžiagų ir surinko 100 rublių. Parapijos dvarininkai taip pat davė statybinių medžiagų. 1861 m. medžiagos buvo paruoštos, padėtas kertinis akmuo ir pradėta statyti bažnyčia. 1865 m. ji pašventinta. Kunigo Teodoro Kupferio (tarnavo 1904–1940 m.) rūpesčiu bažnyčios stogas apdengtas skarda. 1930–1932 m. bažnyčia įsigijo naują varpą.
1979 m. suremontuotas ir nudažytas bažnyčios stogas. Kai jis vėl pradėjo leisti vandenį, 1983 m. apdengtas raudonu šiferiu. 1981 m. nutinkuota ir nudažyta bažnyčios išorė. 1988 m. vėtra nuvertė medinį bažnyčios kryžių, apkaltą cinkuota skarda. 1989 m. iškeltas plieno kryžius. Šiais darbais rūpinosi kunigas E. Švageris (tarnavo 1979–2001 m.).Tai viena iš trijų po Antrojo pasaulinio karo išlikusių latviškų bažnyčių.