Vyskupas Abraomas Voina tarp 1631 ir 1641 m. Šešuolių dvaro Zibalų palivarką dovanojo Šešuolių bažnyčiai. Zibaluose 1744 m. klebonas Kitkevičius pastatė koplyčią, kuri apie 1774 m. tapo filija. Parapija įkurta 1920 m. klebono Kazimiero Lajausko (g. 1892 m., lenkų nužudytas 1921 m.) rūpesčiu. Klebonas Bronius Bulika (1923–1988) 1950 m. nuteistas 10 m. ir ištremtas.