1787 m. dvarininkas Ignas Šveikauskis pastatė medinę bažnyčią. 1790 m. įkurta parapija. 1827 m. bažnyčia atnaujinta. 1851 m. pastatyta dabartinė bažnyčia.
1893–1897 m. Bagaslaviškyje kaip altarista gyveno kunigas Silvestras Gimžauskas, Vilniaus krašto lietuvių švietėjas. Jis pirmasis čia pradėjo laikyti lietuviškas pamaldas. 1906 m. pastatyta betoninė klebonija, kurioje kunigo Povilo Burbulio rūpesčiu 1906 m. liepos 7 d. Bagaslaviškyje įvyko pirmasis lietuvių vaidinimas. 1910–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1918 m. lapkričio 2 d. sudegė bažnyčios stogas. 1920 m. vasario 12 d. lenkai suėmė ir išvežė kleboną Petrą Bertulį. 1965–1986 m. čia klebonavo, Sibiro tremtinys. Jis atnaujino bažnyčią.