Pirmąją medinę bažnyčią 1509 m. pastatė Žemaičių seniūnas Mikalojus Kęsgaila. Jis 1509 m. gegužės 21 d. donacijos akte pasižada amžiams Švėkšnos bažnyčiai skirti iš Švėkšnos dvaro žemės tiek, kiek reikia 40-čiai statinių kviečių apsėti, 10 šeimų su jų turimomis žemėmis, tris dvaro karčiamas, esančias Švėkšnoje, su teise savo reikalams virti alų ir midų be to dar kasmet ir amžiams – statinę tiršto nepraskiesto medaus ir dešimtinę nuo visų pasėlių iš Švėkšnos, Beržėnų, Gintališkės dvarų, o bažnyčia įpareigojama kasmet laikyti trejas giedotinas Mišias – pirmąsias šventos Trejybės, antrąsias Palaimintos Mergelės, trečiąsias Šventojo Jokūbo. Ši bažnyčia pakonsekruota buvo tik 1652 m. spalio 8 d., kai į Švėkšną pirmą kartą atvyko Žemaičių vyskupas. Įkurta parapija.
1732 m. Švėkšną nusiaubė didelis gaisras, kurio metu visiškai sudegė ir pirmoji medinė bažnyčia. 1742 m. Švėkšnoje, sudegusios bažnyčios vietoje buvo pastatyta antroji bažnyčia, kuri buvo medinė, kryžiaus pavidalo, su 5 kupolais, apmuštais balta skarda, nudažytai žaliai. 1792 m. įsteigta altarija. 1774 m. į Švėkšną atvyko klebonauti kanauninkas Nikodemas Kauneckis.
1801 m., susenus antrajai bažnyčiai, ji buvo nugriauta ir jos vietoje 1804 m. pastatyta nauja, kryžminio plano bažnyčia, kuri taip pat medinė, su dviem bokštais ir gerais mūriniais pamatais. 1810 m. birželio 1 d. ją konsekravo Žemaičių vyskupas Juozapas Giedraitis. 1820 m. bažnyčiai priklausė 10 kaimų (41 valakas). Nuo XIX a. pradžios veikė parapinė mokykla. 1841 m., vizituodamas Švėkšną, Žemaičių vyskupas Motiejus Valančius rašė, kad tuo metu klebono pareigas ėjo kunigas Stanislovas Bumša, o parapijoje dirbo penki kunigai.